重要文化財の仁王門・書院をはじめ、本堂・楼門（桃山時代1614）など堂宇の美しい寺院で、義淵僧正坐像（国宝、奈良末～平安初期）・天人浮刻塼（重文・奈良時代８世紀）・木造仏涅槃像（重文・藤原時代）の他、なお、胎内仏という奈良前期の銅造如意輪観音像がある。開山の義淵僧正は８世紀に活躍する一流の名僧たちを育成した人として有名である。

寺名の「龍蓋寺」の名は、飛鳥の地を荒らし農民を苦しめていた悪『龍』を、義淵僧正がその法力をもって池の中に封じ込め大きな石で『蓋』をしたという伝承が由来となっており、その龍は改心し善龍となって今でも池に眠ると伝わっている。